BIOINFORMÁTICA Y VARIABILIDAD GENÉTICA

EpiMolBio es un software creado en nuestro laboratorio, diseñado para explorar la variabilidad genética. Es de uso gratuito y presenta una interfaz intuitiva y fácil de usar .

Su amplio conjunto de herramientas engloba el procesamiento de secuencias, el análisis de conservación y variabilidad, la generación de secuencias consensos y la identificación de mutaciones o cambios en aminoácidos, incluyendo herramientas especializadas para el análisis de VIH y SARS-CoV-2.

El análisis genético desempeña un papel crucial en la medicina moderna. Sin embargo, muchas herramientas de bioinformática son costosas o complejas, lo que reduce su base de usuarios y limita la colaboración global en la investigación.

Nuestra meta fue desarrollar un programa versátil y sencillo que se adapte a los objetivos del usuario.

EpiMolBio fue desarrollado en 2018 para estudios de variabilidad y resistencia a fármacos en el VIH. Al inicio de la pandemia de COVID-19, se desarrollaron nuevas funciones para el rastreo de mutaciones y análisis de variantes, junto con software adicional para alineaciones masivas, edición de archivos y procesamiento de secuencias. El software admite secuencias en el formato ampliamente utilizado .fasta, junto con secuencias de referencia definidas por el usuario, facilitando el estudio de microorganismos patógenos u otras entidades médica y biológicamente relevantes.

EpiMolBio contiene 6 funciones principales con varias herramientas en cada una:

• Virus: Herramientas específicas para el análisis de conservación y mutaciones de resistencia al VIH, y rastreo de proteínas del SARS-CoV-2.
• Variabilidad: Identifica polimorfismos, determina la frecuencia de conservación o mutación, deriva consensos y calcula el coeficiente de Wu-Kabat.
• Homología: Busca, compara y extrae secuencias concretas según los criterios de similitud establecidos.
• Rastreador: Busca proteínas y secuencias diana dentro de un conjunto de secuencias más largas.
• Alineamientos: Alinea, elimina inserciones y crea gráficos dot-plot.
• Herramientas: Edita archivos. Filtra, cuenta o traduce secuencias. Automatiza las funciones de EpiMolBio.

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HIV Capsid Protein Genetic Diversity Across HIV-1 Variants and Impact on New Capsid-Inhibitor Lenacapavir.Troyano-Hernáez P, Reinosa R, Holguín Á. Frontiers in Microbiology (2022)doi: 10.3389/fmicb.2022.854974.

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HIV Transmembrane Glycoprotein Conserved Domains and Genetic Markers Across HIV-1 and HIV-2 Variants.Valadés-Alcaraz A, Reinosa R, Holguín Á. Frontiers in Microbiology (2022)doi: 10.3389/fmicb.2022.855232.

Evolution of SARS-CoV-2 Envelope, Membrane, Nucleocapsid, and Spike Structural Proteins from the Beginning of the Pandemic to September 2020: A Global and Regional Approach by Epidemiological Week.Troyano-Hernáez P, Reinosa R, Holguín Á. Viruses (2021)doi: 10.3390/v13020243.

Short Communication: Update in Natural Antiretroviral Resistance-Associated Mutations Among HIV Type 2 Variants and Discrepancies Across HIV Type 2 Resistance Interpretation Tools.Troyano-Hernáez P, Reinosa R, Burgos MC, Holguín Á. AIDS Res Hum Retroviruses (2021)doi: 10.1089/AID.2020.0180.